Am 16. Jänner 1806 kehrte das Kaiserpaar Franz II./I. und Maria Theresia unter dem Jubel der Bevölkerung zurück, nachdem es zwei Monate zuvor vor den herannahenden Truppen Napoleons geflohen war.

Zwei Mal residierte Napoleon in Schönbrunn – und regierte auch von dort aus. So wurde am 15. Dezember 1805 hier ein Vertrag zwischen Preußen und Frankreich geschlossen. Allerdings trat dieser Vertrag so niemals in Kraft.